由于土地增值稅清算一般應在房地產(chǎn)開發(fā)項目全部竣工、完成銷售時進行，而企業(yè)所得稅的收入確認時間比清算土地增值稅時間提前很多。根據(jù)國稅發(fā)「2009」31號的規(guī)定，項目未完工而有預收房款時，只要房地產(chǎn)公司與業(yè)主正式簽訂《房地產(chǎn)銷售合同》或《房地產(chǎn)預售合同》，企業(yè)所得稅納稅義務就實現(xiàn)了，雖然土地增值稅采取預征辦法，但清算土地增值稅往往可能會補繳大量的土地增值稅，企業(yè)清算時房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)已沒有沒有后續(xù)項目，這樣就可能造成土地增值稅清算的稅款不能在企業(yè)所得稅前扣除，即土地增值稅清算補交的稅款未能按權責發(fā)生制原則在所屬納稅年度扣除，造成企業(yè)多交了企業(yè)所得稅，違背了《企業(yè)所得稅法》第八條的規(guī)定。為了解決房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)注銷前由于預征土地增值稅導致多繳企業(yè)所得稅的退稅問題。自2010年1月1日起，國家稅務總局公告2010年第29號《關于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)注銷前有關企業(yè)所得稅處理問題的公告》就房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)注銷前的企業(yè)所得稅處理問題，進行了以下規(guī)定：一、房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)（以下簡稱企業(yè)）按規(guī)定對開發(fā)項目進行土地增值稅清算后，在向稅務機關申請辦理注銷稅務登記時，如注銷當年匯算清繳出現(xiàn)虧損，應按照以下方法計算出其在注銷前項目開發(fā)各年度多繳的企業(yè)所得稅稅款，并申請退稅：
（一）企業(yè)整個項目繳納的土地增值稅總額，應按照項目開發(fā)各年度實現(xiàn)的項目銷售收入占整個項目銷售收入總額的比例，在項目開發(fā)各年度進行分攤，具體按以下公式計算：
各年度應分攤的土地增值稅=土地增值稅總額×（項目年度銷售收入÷整個項目銷售收入總額）
本公告所稱銷售收入包括視同銷售房地產(chǎn)的收入，但不包括企業(yè)銷售的增值額未超過扣除項目金額20%的普通標準住宅的銷售收入。
在這里應該注意兩點：一是“注銷當年匯算清繳出現(xiàn)虧損”是指根據(jù)財稅「2009」60號文規(guī)定將整個清算期作為一個獨立的納稅年度進行匯算清繳，由稅務機關認可的虧損，并且此虧損是由于土地增值稅清算稅款導致的。二是“注銷前項目開發(fā)各年度”是指土地增值稅清算涉及的年度。三是符合以下條件之一，企業(yè)即可申請退稅：（1）土地增值稅清算當年和企業(yè)注銷當年匯算清繳都出現(xiàn)虧損；
（2）土地增值稅清算當年出現(xiàn)虧損，且未在注銷之前年度按稅法規(guī)定彌補完畢的。
（二）項目開發(fā)各年度應分攤的土地增值稅減去該年度已經(jīng)稅前扣除的土地增值稅后，余額屬于當年應補充扣除的土地增值稅；企業(yè)應調(diào)整當年度的應納稅所得額，并按規(guī)定計算當年度應退的企業(yè)所得稅稅款；當年度已繳納的企業(yè)所得稅稅款不足退稅的，應作為虧損向以后年度結轉(zhuǎn)，并調(diào)整以后年度的應納稅所得額。
[案例分析]
某開發(fā)企業(yè)2010年9月項目全部竣工并銷售完畢，10月進行土地增值稅清算，整個項目實現(xiàn)土地增值稅1490萬元，補交土地增值稅530萬元，2010年度企業(yè)所得稅匯算確認虧損1520萬元。2011年1月1日企業(yè)注銷清算，注銷年度匯算清繳確認虧損98萬元。2008年——2010年預交土地增值稅分別為：100萬元、800萬元、60萬元；各年分攤的土地增值稅分別為：150萬元、1250萬元、90萬元；各年交納的企業(yè)所得稅分別為：10萬元、130萬元、0萬元。
1、2008年應調(diào)整的應納稅所得額：
150-100=50（萬元）
應退企業(yè)所得稅=50×25%=12.5（萬元）
2008年僅交納企業(yè)所得稅10萬元，2008年只能退稅10萬元。剩余的2.5萬元所得稅對應的所得額10萬元作為虧損向以后年度結轉(zhuǎn)。
2、2009年應調(diào)整的應納稅所得額：
1250-800=450（萬元）
加上2008年轉(zhuǎn)來的10萬元
2009年應調(diào)整的應納稅所得額共為：450+10=460（萬元）
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